Весь учёт внутри системы WFA ведётся по внутренним реестрам. Регистрация происходит в случаях выдачи метрики и родословной.

Если животное уже получило родословную в другой системе, оно уже не может получить родословную WFA. В таких случаях кошке присваивается внутренним номер WFA в процессе индивидуальной регистрации.

Если у котят ещё нет метрик и/или родословных другой системы, сертификат индивидуальной регистрации (СИР) WFA их матери позволяет провести учёт помёта и выдать котятам документы WFA.